Mộ Vua Lê Dụ Tông được phát hiện ngẫu nhiên vào tháng 2 năm 1958 tại làng Bái Trạch, xã Xuân Giang, huyện Thọ Xuân, tỉnh Thanh Hóa. Đầu năm 1964, được phép của Bộ Văn hóa (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch), Đội khảo cổ thuộc Vụ Bảo tồn - Bảo tàng, Bộ Văn hóa, đã khai quật ngôi mộ và đưa về Bảo tàng Lịch sử Việt Nam để lưu giữ và nghiên cứu. Ngày 2/4/1964 Bảo tàng Lịch sử Việt Nam đã phối hợp với các giáo sư, bác sĩ của trường Đại học Y Hà Nội và Viện Giải phẫu tổ chức mở quan tài trước sự chứng kiến của cố Thủ tướng Chính phủ Phạm Văn Đồng, đại diện Lãnh đạo Bộ Văn hóa, Uỷ ban khoa học Nhà nước, Viện Sử học Việt Nam. Ngày 8/4/1964, Bảo tàng Lịch sử Việt Nam đã họp báo công bố kết quả khai quật và nghiên cứu mộ cổ này. Từ năm 1964 đến nay, thi hài Vua Lê Dụ Tông được bảo quản trong kho có môi trường ổn định, phù hợp với điều kiện bảo quản hiện vật hữu cơ, nên vẫn được giữ ở tình trạng tốt nhất.
Năm 1996, Hội đồng họ Lê Việt Nam có đề nghị Bộ Văn hóa - Thông tin cho phép đưa thi hài Vua Lê Dụ Tông về an táng tại Thanh Hóa. Bộ Văn hóa - Thông tin đã tham khảo ý kiến của một số cơ quan có liên quan về đề nghị này. Do còn có ý kiến chưa đồng thuận, nên việc này chưa được giải quyết.
Tháng 10 năm 2006, Hội đồng họ Lê Việt Nam tiếp tục có văn bản đề nghị với Bộ Văn hóa - Thông tin xin đưa thi hài Vua Lê Dụ Tông về an táng tại Thanh Hóa. Bộ Văn hóa - Thông tin, sau khi đã được sự nhất trí của một số cơ quan chức năng có liên quan đã có văn bản báo cáo và được Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ đồng ý giải quyết việc đưa thi hài Vua Lê Dụ Tông về hoàn táng tại Thanh Hóa. Tại công văn số 7618/VPCP - KGVX, ngày 29/10/2009, Văn phòng Chính phủ đã thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ về việc hoàn táng thi hài Vua Lê Dụ Tông như sau:
1. Giao cho Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch chủ trì, phối hợp với Uỷ ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa, các cơ quan liên quan và Hội đồng họ Lê Việt Nam tổ chức việc hoàn táng thi hài Vua Lê Dụ Tông tại địa điểm do Uỷ ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa lựa chọn.
- Về nghi lễ: có thể vận dụng nghi thức truyền thống kết hợp với nghi thức hiện hành, đảm bảo trang trọng, tiết kiệm.
2. Về kinh phí: Uỷ ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa bố trí ngân sách địa phương và huy động các nguồn vốn hợp pháp khác để thực hiện.
Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã phối hợp với Uỷ ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa và Hội đồng họ Lê Việt Nam, cùng các cơ quan hữu quan xây dựng chương trình, kế hoạch và triển khai công tác chuẩn bị để sớm tổ chức được lễ hoàn táng thi hài Vua Lê Dụ Tông. Theo đó, lễ tổ chức hoàn táng thi hài Vua Lê Dụ Tông sẽ được triển khai theo chương trình, kế hoạch và nghi thức cơ bản sau đây:
- Ban tổ chức lễ hoàn táng: Lãnh đạo Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, các đơn vị có liên quan thuộc Bộ, Uỷ ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa, và các cơ quan có liên quan, đại diện Hội đồng họ Lê Việt Nam. Lãnh đạo Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch làm trưởng ban, Uỷ ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa làm phó trưởng ban.
- Về thời gian: Bắt đầu từ 01 giờ sáng và kết thúc vào hồi 11 giờ cùng ngày ngày 25/01/2010 ( tức ngày 11 tháng Chạp năm Kỷ Sửu).
- Địa điểm hoàn táng: tại Làng Bái Trạch, xã Xuân Giang, huyện Thọ Xuân, tỉnh Thanh Hóa.
- Chương trình hoàn táng:
* Tại Bảo tàng Lịch sử Việt Nam tổ chức việc khâm liệm do Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch chuẩn bị chủ trì, Bảo tàng Lịch sử Việt Nam thực hiện, cùng tham dự có đại diện Lãnh đạo Uỷ ban nhân nhân tỉnh Thanh Hóa, Hội đồng họ Lê Việt Nam, Đại diện Trung ương Giáo Hội phật giáo Việt Nam làm lễ nhập quan.
Lãnh đạo Bảo tàng Lịch sử Việt Nam đọc lời tiễn. Đội nghi thức đưa quan tài và linh vị lên xe.
* Hành trình vào Thanh Hóa: Xuất hành từ Bảo tàng Lịch sử Việt Nam, đi theo đường Láng - Hòa Lạc - đường Hồ Chí Minh  vào Lam Kinh - làng Bái Trạch, có xe cảnh sát dẫn đường. Đến Lam Kinh dừng lại 10 phút làm lễ Yết cáo tổ tiên.
*Tại làng Bái Trạch:
+ Làm lễ hạ huyệt và thực hiện lấp mộ.
+ Kết thúc: Lãnh đạo Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đọc lời phát biểu, Lãnh đạo Uỷ ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa đọc Văn tế, sau đó những người có mặt tiến hành lễ theo nghi thức truyền thống.
Lễ hoàn táng kết thức vào hồi 11 giờ./.