Theo báo cáo sơ bộ, thực hiện văn bản số 413/UBND-VP6 ngày 17/6/2022 của UBND tỉnh về việc nghiên cứu, khai quật khảo cổ tại khu vực Nội Trong, cánh đồng Hang Trâu, vườn chùa Nhất Trụ, xã Trường Yên (huyện Hoa Lư) và Quyết định số 1527/QĐ-BVHTTDL ngày 4/7/2022 của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch về việc khai quật khảo cổ; trong thời gian từ tháng 11/2022 đến tháng 12/2022, Viện Khảo cổ học phối hợp với Sở Văn hóa và Thể thao tỉnh Ninh Bình thực hiện nhiệm vụ khai quật nghiên cứu tại 3 địa điểm: cánh đồng Nội Trong, cánh đồng Hang Trâu và vườn chùa Nhất Trụ, xã Trường Yên, với tổng diện tích 900m.
Theo ghi chép của sử sách, năm 968 Hoa Lư được vua Đinh Tiên Hoàng chọn là kinh đô của nước Đại (Cồ) Việt. Trong 42 năm đảm nhiệm vị trí là kinh đô của triều Đinh, Tiền Lê và buổi đầu triều Lý, Hoa Lư đã trở thành trung tâm chính trị, quân sự, kinh tế và văn hóa của Nhà nước độc lập và tự chủ. Tuy nhiên, trải qua thời gian tồn tại lâu dài đến nay, các công trình không còn trên mặt đất.
Công tác nghiên cứu khảo cổ ở khu vực Cố đô Hoa Lư đã được thực hiện từ những năm 60 của thế kỷ XX đến nay. Mặc dù các đợt thăm dò, khai quật diễn ra không liên tục, nhưng những kết quả thu được trong gần 60 năm qua đã giúp các nhà nghiên cứu thống nhất ghi nhận đây là khu di tích lớn, đặc biệt quan trọng với lịch sử - văn hóa của dân tộc. Rất nhiều công trình kiến trúc, các cung điện, dinh thự, đền miếu... có liên quan trực tiếp đến vương triều và hoàng tộc nhà Đinh - Tiền Lê được xây dựng ở nơi đây.
Kết quả khai quật khảo cổ sơ bộ bước đầu tại 3 địa điểm cánh đồng Nội Trong, cánh đồng Hang Trâu và vườn chùa Nhất Trụ vừa qua tiếp tục đóng góp thêm những nhận thức mới, quan trọng, góp phần làm rõ hơn lịch sử hình thành, tồn tại và phát triển của vùng đất Hoa Lư từ thời Bắc thuộc cho đến các triều đại Đinh - Tiền Lê ở thế kỷ X.
Ở địa điểm cánh đồng Nội Trong, đợt khai quật tháng 3/2021 đã phát hiện những dấu tích của kiến trúc giai đoạn Trường Châu. Đợt khai quật này đã tìm thấy những dấu tích kiến trúc cung điện thời Đinh và dấu ấn văn hóa thời Tiền Lê ở đây. Những tư liệu thu thập ở khu vực này là những chứng cứ rõ ràng ghi nhận nhà Đinh và sau đó là nhà Tiền Lê đã xây dựng kinh đô trên khu vực trước đây là nơi trị sở của Trường Châu thời thuộc Đường. Tuy nhiên Hoa Lư ở thế kỷ X có sự mở rộng không gian kiến trúc hơn so với không gian trị sở cũ thời Bắc thuộc.
Các hố khai quật ở địa điểm cánh đồng Hang Trâu đã xác định nơi đây là không gian chuyển đổi giữa hai không gian kiến trúc khu Chính điện và Hậu cung của kinh đô Hoa Lư. Ở thời Đinh đây là một khu vực sân vườn với những cây cổ thụ mọc trên địa hình tự nhiên. Đến thời Tiền Lê, nó chuyển đổi thành một nền sân đất nện được đắp bồi rất rộng. Như vậy, ngay từ lần đầu tiên tiến hành khai quật nghiên cứu, địa điểm Hang Trâu đã góp thêm những tư liệu mới để có nhận thức rõ ràng hơn về quy hoạch chung của nội đô Hoa Lư.
Chùa Nhất Trụ được lịch sử biết đến là ngôi quốc tự đầu tiên của Nhà nước Đại (Cồ) Việt - Nhà nước độc lập tự chủ đầu tiên của dân tộc. Ngoài cột kinh bằng đá được vua Lê Đại Hành dựng năm 996, đợt khảo cổ năm 1991 do Bảo tàng Hà Nam Ninh thực hiện đã phát hiện những dấu tích có thể là móng trụ của một công trình kiến trúc có quy mô lớn nằm gần cột kinh bằng đá hiện còn. Đợt khai quật năm 2022 đã tiếp tục làm xuất lộ thêm 2 công trình kiến trúc phân bố ở phía Đông Bắc chùa. Những dấu tích kiến trúc đã thu thập qua các đợt khai quật đã góp phần xác định trong không gian chùa Nhất Trụ xưa bao gồm nhiều đơn nguyên kiến trúc khác nhau.
Như vậy, kết quả nghiên cứu khảo cổ học năm 2022 tiếp tục xác định chi tiết hơn không gian phân bố các công trình kiến trúc ở Cấm thành và Hoàng thành Hoa Lư. Các dấu tích khảo cổ ở Nội Trong và Hang Trâu ghi nhận mặt bằng tổng thể Cấm thành Hoa Lư gồm 2 khu vực: Khu trung tâm được nhà Đinh - Lê xây dựng khi lựa chọn nơi đây làm kinh đô mở nước, cũng chính là Khu di tích Cố đô Hoa Lư hiện nay. Khu Hậu cung nằm về phía Nam khu trung tâm, là nơi vốn có các kiến trúc thuộc trị sở Trường Châu trước thế kỷ X, sau đó được nhà Đinh - Tiền Lê tiếp tục tái sử dụng (từng phần hoặc lấy vật liệu kiến trúc).
Giữa hai khu này ngăn cách với nhau bằng một vườn cây ở thời Đinh, nhưng đến thời Lê thì được chuyển đổi chức năng thành một nền sân đất đắp rộng. Các công trình kiến trúc trong Cấm thành có thể có nhiều hướng khác nhau nhưng đều quy tụ về kiến trúc trung tâm hoặc những trục đường dẫn về kiến trúc trung tâm. Kiến trúc quy tâm (Chính điện) nằm ở giữa Đền Đinh và Đền Lê hiện nay; một phần của kiến trúc đã xuất lộ qua cuộc khai quật năm 2021.
Từ thực tế kết quả khai quật nghiên cứu, nhóm công tác đề xuất một số kiến nghị, như: Cần tăng cường công tác bảo vệ hiện trạng di tích. Khu vực nghiên cứu ở các địa điểm Nội Trong và Hang Trâu nằm trong kế hoạch thu hồi đất nhập vào không gian Khu di tích Cố đô Hoa Lư, đồng thời cũng là nơi đang được tỉnh quan tâm đầu tư nhằm bảo tồn và phát huy giá trị di tích.
Trước mắt, cần giữ nguyên hiện trạng khu vực, dừng tất cả các hoạt động chôn cất mồ mả, xây dựng công trình, đào múc ao, hồ trái phép ở khu vực này. Đồng thời, tiếp tục mở rộng nghiên cứu khu vực không gian phân bố quanh chùa Nhất Trụ.
Trong lịch sử, ngôi chùa được biết đến là ngôi quốc tự đầu tiên của đất nước, là nơi các quốc sư của triều đại Đinh - Tiền Lê giúp triều đình hoạch định đường lối phát triển đất nước, thực hiện các nghi lễ cầu cho "quốc thái dân an"...
Công tác khảo cổ vừa qua cho thấy, nơi đây đã từng có những công trình kiến trúc quy mô lớn, liên hoàn. Tuy vậy, do diện tích khai quật khiêm tốn nên chưa thể xác định quy mô và không gian phân bố các công trình kiến trúc của chùa. Trong tương lai, cần có những định hướng đầu tư nghiên cứu khảo cổ, góp phần làm dày thêm tư liệu phục vụ tu bổ, tôn tạo, giúp cho ngôi chùa xứng tầm như vốn có ở thế kỷ X lịch sử.
Trước đó, các đại biểu và các nhà nghiên cứu, cán bộ làm công tác khảo cổ, quản lý văn hóa các cơ quan, đơn vị, địa phương liên quan đã tham quan thực tế tại các địa điểm đang thực hiện khai quật khảo cổ, gồm cánh đồng Nội Trong, cánh đồng Hang Trâu và vườn chùa Nhất Trụ, xã Trường Yên.