Việc nghiên cứu lập quy hoạch bảo quản, tu bổ, phục hồi Danh lam thắng cảnh quốc gia đặc biệt Ngũ Hành Sơn đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt theo Quyết định số 519/QĐ-TTg ngày 16/4/2020, là cơ sở cho việc định hướng, bảo tồn và phát huy giá trị di tích, khai thác tiềm năng du lịch, quản lý, bảo vệ di tích này. Đặc biệt quy hoạch phải dựa trên việc bảo tồn di sản, tôn trọng, bảo tồn tối đa các yếu tố cấu thành đặc trưng của di tích. Qua đó đề xuất phương án phát huy giá trị, quảng bá di tích trên cơ sở hạn chế tác động tiêu cực đến không gian cảnh quan, cấu trúc của khu danh thắng.

Trong báo cáo khảo sát mới nhất đã có nhiều giải pháp đưa ra đối với các vấn đề "nóng" trong quá trình khảo sát, lập quy hoạch, đặc biệt là tại các khu dân cư, hệ thống di tích trong vùng quy hoạch. Cụ thể trước đây, khu vực bảo vệ I bao gồm diện tích các ngọn núi; khu vực bảo vệ II là khu dân cư, xen kẽ, rải rác nhiều công trình có giá trị, đất nông nghiệp, đất trống và hệ thống giao thông. Ranh giới của 2 khu vực bảo vệ nói trên không rõ ràng do nhiều nguyên nhân, vì vậy việc cải tạo hệ thống điện nước, phòng chống cháy nổ, sạt lở... nhằm hạn chế tối đa ảnh hưởng tới cấu trúc, cảnh quan môi trường khu danh thắng, bảo vệ nguyên trạng về mặt bằng và không gian, duy trì mật độ xây dựng thấp, hạn chế tăng dân số, tính toán duy trì ngưỡng dân số tối đa cho phép... là điều kiện quan trọng nhất tại khu vực này. Ngoài ra nhiều công trình xây dựng trong khu vực quy hoạch có hiện tượng cơi nới so với diện tích được cấp phép. Do vậy việc cắm mốc giới trên thực địa khoanh vùng bảo vệ I, ranh giới các công trình di tích, tôn giáo cần được tiến hành khẩn cấp để hạn chế việc tiếp tục mở rộng trong tương lai. Đối với các khu vực nằm trong vùng bảo vệ II cần xác định phù hợp dựa trên nhu cầu bảo tồn, phát huy giá trị di tích và dân cư hiện hữu trong khu vực. Quyết định không phát triển hệ thống giao thông, bãi đỗ xe tập trung quá lớn làm ảnh hưởng đến cấu trúc danh lam thắng cảnh, tăng cường hệ thống thu gom xử lý rác thải, thoát nước với công nghệ hiện đại. Tại vùng bảo vệ II sẽ phát triển trên tinh thần hạn chế các chức năng mới phục vụ du lịch văn hóa để bảo vệ di tích.

Theo chủ trương của TP Đà Nẵng, trong hơn 10 năm trở lại đây các công trình trong khu vực danh thắng không được cấp phép xây dựng mới, phần lớn đều ở trong tình trạng xuống cấp, đặc biệt là nhà cổ. Có 3 kiểu nhà phổ biến, gồm: Nhà ở kết hợp làm nơi buôn bán trên các tuyến phố như Huyền Trân Công Chúa, Non Nước, kinh doanh các mặt hàng đá mỹ nghệ phục vụ du khách. Đây là vùng hình thái dân cư liên quan đến nghề đá truyền thống tồn tại dưới dạng phố nghề; thứ hai là hình thức nhà vườn, là nơi được xác định là vùng dân cư lâu đời nhất trong khu vực quy hoạch; thứ ba là nhà ở, đa số là nhà tạm, tự phát và ảnh hưởng đến không gian cảnh quan chung.

Do đó, khi thực hiện dự án, thành phố Đà Nẵng chủ trương giữ lại để chỉnh trang một phần khu vực nhà ở kết hợp kinh doanh đá mỹ nghệ trên tuyến đường Huyền Trân Công Chúa và đường Non Nước, một phần giải tỏa để tạo lập trục cảnh quan kết nối ngọn Thủy Sơn và Mộc Sơn, bảo tồn hình thái vùng dân cư đảm bảo 2 yếu tố không gian và con người. Ưu tiên việc bố trí tái định cư cho các hộ dân có nguyện vọng ở lại, gắn với việc bảo tồn và phát huy giá trị di tích nhằm tạo điều kiện cho người dân tham gia các hoạt động phát triển du lịch trong tương lai theo hướng hình thành khu vực làng quê kết hợp du lịch sinh thái hài hòa với kiến trúc tổng thể của Công viên văn hóa.

Vừa qua, nhằm bảo vệ môi trường cảnh quan, văn hóa, sinh thái khu vực danh thắng Ngũ Hành Sơn, thành phố Đà Nẵng đã điều chỉnh phương án quy hoạch, thiết kế kè sông Cổ Cò - Khớp nối tuyến kè dài 1,4 km đi qua ranh giới khu danh thắng Ngũ Hành Sơn. Quyết định hạ cao trình đỉnh kè xuống thấp để phù hợp với cao độ địa hình hiện trạng khu vực.