UBND tỉnh này giao UBND huyện Ninh Hải trực tiếp tổ chức quản lý di tích, chỉ đạo thành lập Ban Quản lý di tích danh thắng quốc gia Vịnh Vĩnh Hy; phối hợp với các đơn vị, doanh nghiệp huy động nguồn lực để tổ chức thành lập và duy trì đội bảo vệ môi trường tại khu vực Vịnh Vĩnh Hy. Đồng thời, chủ động phối hợp với Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa và đơn vị liên quan tổ chức các hoạt động tuyên truyền, hướng dẫn du khách thực hiện đúng nội quy, quy chế tại di tích và giữ gìn, bảo vệ di tích, bảo vệ môi trường trong hoạt động du lịch; đề xuất, kiến nghị kịp thời những khó khăn, vướng mắc trong quá trình tổ chức quản lý, khai thác các giá trị của di tích và thực hiện các nhiệm vụ liên quan được giao.

Cũng theo kế hoạch, UBND tỉnh Ninh Thuận giao Sở VHTTDL hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ quản lý, bảo tồn di tích, danh lam thắng cảnh, khai thác những giá trị của di tích phục vụ cho việc phát triển du lịch; xúc tiến quảng bá hình ảnh và giá trị di tích Vịnh Vĩnh Hy đến du khách, trong và ngoài nước; tổ chức đào tạo, bồi dưỡng kiến thức về kỹ năng phục vụ khách du lịch cho các hộ kinh doanh dịch vụ liên quan đến du lịch tại khu vực Vịnh Vĩnh Hy. Ngoài ra, chỉ đạo Sở Xây dựng quản lý quy hoạch, cảnh quan, kiến trúc xung quanh di tích; thẩm định các dự án đầu tư thuộc lĩnh vực xây dựng và du lịch tại các khu vực, địa điểm liên quan đến di tích, đảm bảo không làm ảnh hưởng, tác động tiêu cực đến di tích… Triển khai công tác xác lập bản đồ khoanh vùng, xác định vị trí và cắm mốc giới bảo vệ di tích trên thực địa theo hồ sơ di tích.