Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ trưởng, Tổng cục Du lịch đã thành lập 02 Đoàn công tác xuống nắm tình hình  và làm việc với lãnh đạo Ban Quản lý Vịnh Hạ Long, Lãnh đạo Sở VHTTDL tỉnh Quảng Ninh. Theo đề nghị của đoàn công tác, Tổng cục Du lịch đã chỉ đạo Sở VHTTDL Hà Nội làm việc với Công ty du lịch Nữ Hoàng và thông báo cho Thanh tra Bộ phối hợp với Thanh tra Sở thanh, kiểm tra hoạt động của Công ty này.

Một số giải pháp cấp bách khác đã được Tổng cục báo cáo và đề xuất lãnh đạo Bộ triển khai: Yêu cầu Sở VHTTDL Hà Nội chỉ đạo Công ty TNHH Dịch vụ Du lịch Nữ Hoàng tích cực phối hợp với các cơ quan chức năng giải quyết hậu quả xảy ra, giải quyết bảo hiểm cho khách du lịch và có biện pháp thanh, kiểm tra hoạt động du lịch khu vực phố cổ; gửi điện chia buồn đến các Đại Sứ quán có công dân bị nạn; đề nghị UBND tỉnh Quảng Ninh tích cực chỉ đạo giải quyết dứt điểm hậu quả vụ việc, có biện pháp rà soát tiêu chuẩn kỹ thuật của các tàu khách trên Vịnh Hạ Long, xử lý nghiêm túc những sai phạm nếu có trong công tác quản lý tàu tham quan và ngủ đêm trên Vịnh cũng như là của chủ tài và lái tàu để xảy ra tai nạn nghiêm trọng này.