Theo quyết định gia hạn Quyết định số 3610/QĐ-BVHTTDL ngày 04 tháng 11 năm 2011 của Bộ VHTTDL cho phép Sở VHTTDL tỉnh Thanh Hóa phối hợp với Viện khảo cổ khai quật tại các di tích: Hang Con Moong, hang Lai, hang Lý Chùn thuộc xã Thành Yên, Thạch Thành, tỉnh Thanh Hóa.

Thời gian gia hạn khai quật: Từ ngày 08/11/2012 đến ngày 20/11/2012. Diện tích khai quật: 140 m2; trong đó: Hang Con Moong: 50m2; Hang Lý Chùn: 40m2. Phụ trách khai quật: PGS.TS Nguyễn Khắc Sử, Viện Khảo cổ học.

Trong thời gian khai quật, các cơ quan được cấp giấy phép có trách nhiệm tuyên truyền cho nhân dân về việc bảo vệ di sản văn hóa ở địa phương, không được đưa ra những kết luận vội vàng khi chưa được cơ quan chủ quản và Cục Di sản văn hóa đồng ý.

Những hiện vật thu thập được trong quá trình khai quật giao cho Sở VHTTDL tỉnh Thanh Hóa giữ gìn, bảo quẩn; khi bàn giao phải có biên bản giao nhận, tránh để hiện vật bị hư hỏng, thất lạc. Di tích hang Con Moong đã được Thủ tướng Chính phủ cho phép lập Hồ sơ đề nghị Unesco đưa vào danh mục di sản thế giới. Do đó, khi tiến hành khai quật phải tuyệt đối không làm ảnh hưởng đến địa tầng của di tích.  Sở VHTTDL tỉnh thanh Hóa phải tăng cường công tác bảo vệ di tích trong và sau quá trình khai quật.

Sau khi kết thúc đợt khai quật, chậm nhất 03 tháng Sở VHTTDL tỉnh Thanh Hóa và Viện Khảo cổ phải có báo cáo sơ bộ và sau 01 năm phải có báo cáo khoa học gửi về Cục Di sản văn hóa. Khi công bố kết quả của đợt khai quật, các cơ quan được cấp phép cần trao đổi với Cục Di sản văn hóa.

HCTC