Theo đó, Bảo tàng Hà Nội sẽ có 4 không gian trưng bày chính, trong đó không gian trưng bày tại tầng 1 gồm: Không gian đại sảnh thông tầng, không gian dành cho phục vụ: quầy bán vé, khu lễ tân, khu bán hàng lưu niệm, khu gửi đồ 1, khu gửi đồ 2. Không gian trưng bày tầng 2 gồm các chủ đề: Câu chuyện của Bảo tàng Hà Nội; chủ đề Thiên nhiên với các tiểu chủ đề về cảnh quan thiên nhiên, đất đai và khoáng sản, động thực vật; chủ đề Hành trình đến Thăng Long; chủ đề Thăng Long thời Đại Việt… 

Không gian trưng bày tầng 3 với chủ đề Hà Nội thế kỷ XIX-XX bao gồm các tiểu chủ đề: Làng nghề - Phố nghề, Thành phố thuộc địa, Cư dân thành phố, Tôn giáo tín ngưỡng, Đời sống văn hóa - nghệ thuật...

Bảo tàng Hà Nội

Không gian trưng bày tầng 4 bám sát các chủ đề: Đấu tranh chống Pháp giành độc lập (1873-1954); kháng chiến chống Mỹ (1954-1975); xây dựng chủ nghĩa xã hội; Hà Nội trên đường đổi mới với các tiểu chủ đề nổi bật, như: Trưng bày cuộc sống thời chiến, vì Hà Nội - vì Tổ quốc, 12 ngày đêm Điện Biên Phủ trên không, bước đầu xây dựng chủ nghĩa xã hội, khu tập thể và cuộc sống thời bao cấp, cuộc sống của một đô thị hiện đại...

 Cùng với đó, Quyết định còn bao gồm các nội dung điều chỉnh giao thông, bổ sung công trình đón tiếp khách tham quan, hoàn thiện cây xanh, cảnh quan bên ngoài…/.