Theo đó,  về cơ cấu tổ chức, Tổng cục Thể dục thể thao có Tổng cục trưởng và không quá 04 Phó Tổng cục trưởng. Tổng cục trưởng và các Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thể dục thể thao do Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm, luân chuyển, điều động theo quy định của pháp luật.

Có 18 đơn vị trực thuộc Tổng cục Thể dục thể thao bao gồm: Vụ Thể dục thể thao quần chúng; Vụ Thể thao thành tích cao I; Vụ Thể thao thành tích cao II; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Kế hoạch, Tài chính; Vụ Tổ chức cán bộ; Văn phòng; Viện Khoa học Thể dục thể thao; Tạp chí Thể thao; Trung tâm Huấn luyện Thể thao quốc gia Hà Nội; Trung tâm Huấn luyện Thể thao quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh; Trung tâm Huấn luyện Thể thao quốc gia Đà Nẵng; Trung tâm Huấn luyện Thể thao quốc gia Cần Thơ; Trung tâm Doping và Y học thể thao; Trung tâm Thông tin Thể dục thể thao; Trung tâm Thể thao Ba Đình; Bệnh viện Thể thao Việt Nam và Khu Liên hợp thể thao quốc gia.

Tổng cục Thể dục thể thao có nhiệm vụ trình Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch để trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền các dự án luật, dự thảo nghị quyết của Quốc hội, dự án pháp lệnh, dự thảo nghị quyết của Ủy ban thường vụ Quốc hội; các dự thảo nghị quyết, nghị định của Chính phủ về thể dục, thể thao và các dự án, đề án khác theo phân công của Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch; chiến lược, quy hoạch tổng thể, chương trình quốc gia phát triển thể dục, thể thao và các dự án, công trình quan trọng quốc gia về thể dục, thể thao; các dự thảo quyết định, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ về thể dục, thể thao; tổ chức đại hội thể dục, thể thao toàn quốc, các đại hội thể thao khu vực, châu lục và thế giới.. đồng thời, giúp Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chương trình và các dự án, đề án về thể dục, thể thao.

Về thể dục, thể thao quần chúng, Tổng cục Thể dục thể thao giúp Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thực hiện các nhiệm vụ tuyên truyền, vận động nhân dân tham gia hoạt động thể dục, thể thao; hướng dẫn các phương pháp tập luyện thể dục, thể thao cho nhân dân phù hợp với lứa tuổi, giới tính, nghề nghiệp, sức khỏe và tình trạng khuyết tật. Hướng dẫn các ngành, địa phương đào tạo, xây dựng đội ngũ hướng dẫn viên, cộng tác viên thể dục, thể thao; phối hợp tổ chức bồi dưỡng chuyên môn, nghiệp vụ cho cộng tác viên thể dục, thể thao cơ sở; chỉ đạo, tổ chức thi đấu thể thao quần chúng ở cấp quốc gia...

Về giáo dục thể chất và hoạt động thể thao trong nhà trường, Tổng cục Thể dục thể thao giúp Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo trong việc thực hiện các nhiệm vụ xây dựng và tổ chức thực hiện chương trình giáo dục thể chất trong trường học; quy định tiêu chuẩn rèn luyện thân thể và đánh giá kết quả rèn luyện thân thể của người học; tổ chức đào tạo, bồi dưỡng và hướng dẫn thực hiện chế độ, chính sách đối với giáo viên, giảng viên thể dục, thể thao; quy định hệ thống thi đấu thể thao trường học.

Về thể thao thành tích cao và thể thao chuyên nghiệp, Tổng cục giúp Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch hướng dẫn thực hiện chế độ, chính sách đối với vận động viên, huấn luyện viên, trọng tài thể thao tổ chức hoặc phối hợp tổ chức đại hội thể thao, giải vô địch từng môn thể thao khu vực, châu lục và thế giới tổ chức tại Việt Nam, đại hội thể dục, thể thao toàn quốc sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt; ban hành luật thi đấu của các môn thể thao; điều lệ thi đấu từng môn của đại hội thể dục thể thao toàn quốc; tổ chức, triển khai nghiên cứu, ứng dụng khoa học, công nghệ và y học trong lĩnh vực thể dục, thể thao theo quy định của pháp luật...