Ngày 13/4/2021, Thanh tra Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch phối hợp với Cục Di sản văn hoá, Thanh tra Sở Văn hoá và Thể thao Thành phố Hà Nội tiến hành kiểm tra thực tế tại di tích Chùa Đậu, làm việc với Ban quản lí di tích xã Nguyễn Trãi và Trụ trì Chùa Đậu.

Qua kiểm tra thực tế, Đoàn công tác nhận thấy, trong khu vực bảo vệ II của di tích Chùa Đậu có một số công trình mới gồm cổng vào liền kề Tả vu, giảng đường, nhà khách nhưng việc xây dựng các công trình này chưa được sự đồng ý bằng văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Ban quản lí di tích xã Nguyễn Trãi được giao quản lí di tích Chùa Đậu; việc Ban quản lí di tích xã Nguyễn Trãi để xảy ra sự việc trên đã vi phạm khoản 3 Điều 13, khoản 3 Điều 32 Luật Di sản văn hoá năm 2001, được sửa đổi, bổ sung tại khoản 13 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Di sản văn hoá năm 2009.

Ngày 16 tháng 4 năm 2021, Đoàn công tác đã lập biên bản vi phạm hành chính đối với Ban quản lí di tích xã Nguyễn Trãi vì đã thực hiện hành vi vi phạm "Xây dựng một số công trình mới trong khu vực bảo vệ II của di tích chùa Đậu mà không có văn bản đồng ý của cơ quan nhà nước có thẩm quyền" quy định tại điểm b khoản 2 Điều 24 Nghị định số 158/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực văn hoá, thể thao, du lịch và quảng cáo.

Cùng ngày, Chánh Thanh tra Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch ban hành Quyết định xử phạt số 03/QĐ-XPHC xử phạt vi phạm hành chính đối với Ban quản lí di tích xã Nguyễn Trãi vì đã thực hiện hành vi vi phạm nêu trên, số tiền phạt là 20 triệu đồng.