Theo đó, Bộ VHTTDL thỏa thuận Dự án tu bổ, tôn tạo di tích đình Phương Châu, nội dung: Tu bổ Đại đình (Đại bái, Hậu cung), Tả mạc (di chuyển Hữu mạc cũ sang bên tả để tu bổ); tôn tạo, xây dựng Nghi môn, Hữu mạc (xây trên khu vực Tả mạc cũ), cổng chính, cổng phụ, am hóa sớ, nhà thủ từ - bếp - vệ sinh, sân vườn, tường rào và hạ tầng kỹ thuật.

Tuy nhiên, Bộ VHTTDL lưu ý: Đối với việc tu bổ Đại bái, Hậu cung: Cần bảo tồn tối đa các cấu kiện gỗ, thành phần kiến trúc. Gia cố, tu bổ cấu kiện gỗ cổ, cũ còn tốt, chỉ thay mới các cấu kiện đã hư hỏng hoàn toàn khi có sự đồng ý của Hội đồng đánh giá sau hạ giải di tích. Giữ nguyên toàn bộ các cấu kiện gỗ có trang trí chạm khắc ở các bức cốn, con chồng, bẩy, kẻ, đầu dư, chỉ bảo quản và tu bổ, gia cố các cấu kiện này, không thay mới hay đục chạm lại theo mẫu cũ. Tái sử dụng tối đa ngói cũ, chân tảng đá cũ, các chi tiết nề ngõa có giá trị. Cần có phương án bảo quản, giữ gìn nguyên vẹn các đồ nội thất thờ tự (cửa võng, hoành phi, câu đối...) trong quá trình thi công.

Đối với các hạng mục khác: Cổng chính đắp Nghê trên đỉnh trụ thay cho Phượng; điều chỉnh, giảm quy mô am hóa sớ (chiều cao nhỏ hơn 3m); mở rộng nhà bao che khu vực Đại bái để đảm bảo che chắn an toàn cho công trình trong suốt quá trình thi công.

Bộ VHTTDL có ý kiến, đồng thời đề nghị UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo các cơ quan liên quan công khai nội dung tu bổ, tôn tạo di tích trước Nhân dân để tạo sự đồng thuận và triển khai các bước tiếp theo theo quy định hiện hành.