Theo đề án, việc thu phí được thực hiện trực tiếp tại các cảng, bến thủy nội địa do Ban Quản lý vịnh Nha Trang quản lý hoặc do các đơn vị khác thu hộ tại các cảng, bến thủy nội địa khác trong khu vực vịnh Nha Trang. Mức thu phí dự kiến từ 6.000 đồng tới 40.000 đồng, áp dụng thống nhất với du khách Việt Nam và nước ngoài đi tham quan, du lịch di chuyển bằng phương tiện thủy nội địa trên những vùng biển, đảo nằm trong ranh giới vịnh Nha Trang (ngoài phân khu bảo vệ nghiêm ngặt). Cụ thể các tuyến thu phí: Bến thủy nội địa - đảo Hòn Miễu 6.000 đồng/người/lượt; bến thủy nội địa - đảo Hòn Tằm, bến thủy nội địa - đảo Hòn Tre Vinpearl, bến thủy nội địa - đảo Hòn Một cùng giá 8.000 đồng/người/lượt; bến thủy nội địa - đảo Hòn Mun 10.000 đồng/người/lượt; tổng hợp các tuyến 40.000 đồng/người/lượt.

Đề án cũng quy định rõ đối tượng được giảm, miễn phí. Cụ thể, giảm 50% phí tham quan cho: Trẻ em từ 6 tuổi đến 16 tuổi; các đối tượng được ưu đãi theo "chính sách ưu đãi hưởng thụ văn hóa"; nhân dân ở các xã đặc biệt khó khăn được quy định trong Chương trình 135 của Chính phủ; người có công với cách mạng; người thuộc diện chính sách xã hội; học sinh, sinh viên các trường trên địa bàn tỉnh đi tham quan, học tập do trường tổ chức. Miễn phí cho: Trẻ em dưới 6 tuổi; người khuyết tật; nhân viên làm việc tại các điểm du lịch trong vịnh Nha Trang; cán bộ, công chức, viên chức, lực lượng vũ trang các đơn vị trên địa bàn tỉnh được cử đi công tác trên vịnh Nha Trang; người dân, du khách tắm biển tại các bờ biển, bãi tắm ven đất liền; công dân cư trú tại Khánh Hòa.

Trước đó, từ năm 2004, HĐND tỉnh đã có nghị quyết thu phí tham quan vịnh Nha Trang với mức phí 5.000 đồng/người/lượt, trẻ em từ 12 tuổi trở xuống được miễn phí. Tuy nhiên sau đó, có ý kiến cho rằng việc thu phí toàn bộ khu vực vịnh Nha Trang là quá rộng nên đến năm 2009, UBND tỉnh đã trình HĐND tỉnh ban hành ban hành nghị quyết sửa đổi chỉ thu phí khách vào tham quan ở Khu bảo tồn biển Hòn Mun. Việc UBND tỉnh cho phép thực hiện thu phí tham quan vịnh Nha Trang lần này nhằm có nguồn tài chính bền vững cho hoạt động quản lý vịnh Nha Trang (một nhiệm vụ trong Kế hoạch khôi phục tổng thể phục hồi vịnh Nha Trang đến năm 2030). Dự kiến số tiền phí thu được hơn 26,4 tỉ đồng/năm, 80% số tiền thu được được dùng để bù đắp chi phí, bảo đảm cho bộ máy, vận hành hoạt động của Ban Quản lý vịnh Nha Trang như: Tuần tra, kiểm soát, công tác liên ngành, cứu nạn cứu hộ, bảo tồn (trồng rừng ngập mặn, tái tạo nguồn lợi thủy sản, phục hồi rạn san hô…), phao neo, sửa chữa tàu thuyền, khảo sát môi trường, thu gom chất thải trên vịnh…

Cùng với việc phê duyệt đề án, Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa giao Sở Tài chính xây dựng dự thảo Tờ trình và Nghị quyết để UBND tỉnh trình HĐND tỉnh ban hành thực hiện.