Theo đó, Bộ VHTTDL thỏa thuận Dự án tu bổ, tôn tạo chùa Bồng Lai với nội dung: Phục dựng nhà Mẫu và nhà Tăng; tôn tạo nhà bia.

Bộ VHTTDL lưu ý: Điều chỉnh phương án thiết kế nhà Tăng theo hướng giảm kích thước trục A-D xuống dưới 7m, bờ nóc công trình không cao hơn bờ nóc Tam bảo và cửa sổ thiết kế theo mẫu cửa "sắc - không". Đồng thời, giảm kích thước gian giữa nhà Mẫu xuống dưới 3,3m; các bộ vì nhà Mẫu nghiên cứu sử dụng vật liệu gỗ (theo thuyết minh của hồ sơ) thay cho phương án sử dụng bê tông cốt thép (như trong bản vẽ thiết kế); không sử dụng đèn trang trí ốp tường tại nhà Mẫu.

Bên cạnh đó, hồ sơ cần làm rõ vị trí nền móng hiện còn của nhà Tăng trên mặt bằng tổng thể di tích; bổ sung bản vẽ mặt nền hiện trạng nhà Mẫu và ảnh chụp hiện trạng nhà bia.

Bộ VHTTDL có ý kiến để UBND tỉnh Phú Thọ chỉ đạo cơ quan chức năng bổ sung, hoàn thiện hồ sơ, lấy ý kiến thống nhất bằng văn bản của nhân dân địa phương và tổ chức quản lý di tích trước khi triển khai các bước tiếp theo theo quy định pháp luật hiện hành./.